代掌九战区兼湘政
1938年10月2日,日军第106师团趁薛岳调正面兵力增援瑞武之际,迂回进击万家岭、老虎尖石一带,图解日军第27师之围。薛岳立即调集德安、星子、瑞昌、武宁和南浔三方兵力,以绝对优势围歼窜犯之日军。他以第四军之九十师由大小金山向万家岭及其东北之敌攻击;第七十四军之五十八师由狮子崖墩上郭向万家岭、王家山之敌攻击;第一四二师(附新十五师之一团)进出口鸟童岭、梨山一线,向石堡山之敌攻击;预第六师(附第九十一师之一旅)进出于斗姆岭、马鞍山、凤凰山以东地区,向石堡山北端王家岭之敌攻击;第九十一师(一旅)迅速肃清头口附近之敌,尔后进出邓家山,协助预六师之攻击,并切断敌北溃道路;新第十三师以一个团,由丛树宝向何家山、凤凰山、石堡山西北之敌攻击。
10月7日,薛岳指挥各路部队发起总攻,至10日,第六十六军击溃万家岭、茅坪聂、老虎尖、石堡山之敌后,又击敌于田步苏;第四军攻占扁担山;第七十四军攻占张古山。这时,日军106师团除逃脱千余人外,其第123(木岛)联队、145(池田)联队和101师团的149(津田)联队以及配属部队,计1万余人,全部被消灭,并有300余人被俘。当时有人称:万家岭大捷,挽南昌于垂危,作江汉之保障,并与平型关、台儿庄鼎足而三,盛名当垂不朽。
武汉失守后,薛岳代理第九战区司令长官,1939年2月奉令兼任湖南省主席,3月,经过整补的日军第101师团及103、106师团一部,分路向南昌进犯。他决定诱敌于安义、奉新之间地带进行决战,以第四十九、七十九和七十军布防于修水河南岸阻敌南犯,以部分兵力布防于鄱阳湖西岸,一部兵力防守南昌,特别将主力布防于安义、奉新东西两侧山地。
当日军开始渡修水河时,薛岳急令第一集团军代总司令高荫槐率领两个军驰援安、奉,俞济时率两师向高安急进。电令前敌各将领:南昌方面取守势,宋肯堂担任指挥安、奉方面取攻势,罗卓英总司令任指挥,以俞军击其首,刘、夏诸部击其腹,武宁方面亦取攻势,以所部夏、李、彭诸军击其尾。
3月27日,南昌失守。4月24日,薛岳奉中央按时收复南昌之令,指挥罗卓英部兵分三路开始反攻。左路由第一集团军代总司令高荫槐指挥第五十八、六十军向靖安、安义、奉新地区之敌进攻,并截断日军的后方交通;中路以宋肯堂等军沿赣江西岸北上,直接进攻南昌,并以一部在西山牵制虬岭、米街、牛行之敌,切断西山周围日军的交通和通讯;右路由俞济时的第七十四军东渡赣江,从东面进攻南昌。5月4日,陈安宝的第二十九军投入反攻南昌的战斗序列。6日,陈安宝中弹殉难。这时,由于缺乏攻城武器,反攻被迫停止。日军虽然保住了南昌,但死亡1.5万多人。
5月7日,薛岳电告蒋介石“安宝南浔苦战,迭挫区锋。今安宝忠烈殉国,伤悼已深,敬请重恤”。在电文中,他还承担了南昌失守的责任,说:“指挥无方,南昌未克,而丧我忠良,敬请重罚,以慰英灵。”