韩国独立运动的致命弱点是其内部的派系斗争。在大敌当前,复国有望的新局势下,金九先生为促成韩国独立运动各党派的团结做了大量的工作。8月,他将拥护韩国临时政府的韩国国民党、朝鲜革命党和韩国独立党以及在美洲的大韩独立军等9个团体联合起来,在南京成立“韩国光复运动团体联合会”,并发表宣言,称“中日战争是我中韩两民族生死存亡的最后关头”,号召韩侨“要以不惜最后一滴血的觉悟,来参加光荣的抗日战争”。随后,金九积极谋求韩国国民党、韩国独立党、朝鲜革命党三党的合并。正当三党领袖在长沙朝鲜革命党本部楠木厅开会时,突遭朝鲜革命党中央委员李云焕狙击,致使金九重伤,玄益哲不治身亡,合党运动亦告停顿。1939年5月,在中国最高当局的劝解下,金九先生与朝鲜民族革命党领袖金若山联名发表《告同志同胞诸君公开信》,宣布他们关于现阶段朝鲜革命的政治主张,提出解散中国关内一切朝鲜革命团体,重新建立一个单一的组织,并一度组成了“全国联合阵线协会”,迈开了两大派实现联合的第一步。8月,金九又积极参与了韩国独立运动七团体在四川綦江举行的统一会议,虽因意见不合而告失败,但在1940年5月,实现了韩国独立党、韩国国民党、朝鲜革命党三党的合并,组成新的韩国独立党,作为韩国临时政府的执政党,金九先生为执行委员长。 1941年5月,金九又成功地促成了金若山领导的朝鲜民族革命党声明加入韩国临时政府,使临时政府的实力大大增强。
在金九的努力下,韩国临时政府原散居在南京、上海、杭州等地的成员及其家属得以集中,并先后迁徙至汉口、长沙、广州、柳州、綦江,最后来到中国战时陪都重庆。1940年9月,经金九先生的一再交涉和联络,中国官方在重庆郊外土桥建造“朝鲜村”,以供政府成员及家属居住,并辟枣子岗娅为临时政府官邸,使其能公开挂牌办公。10月,韩国临时议政院在重庆举行会议,修改临时宪法,将国务委员制改为主席制,并正式选举金九先生为临时政府主席。金九先生随即以政府主席身份颇繁开展对于中国朝野的外交活动,取得了很大的成效。中国官方全部承担了韩国临时政府及各抗日党派的政务活动费、军务活动费、党务活动费及侨民生活费,数额不断增长,至1945年达每月300万法币。中国舆论也积极支持韩国独立运动,1941年11月17日,中国国民参政会曾通过了要求政府扶助韩国完成独立复国,在适当时期承认韩国临时政府的提案。中国共产党也采取各种形式公开支持韩国独立运动。中共驻重庆办事处与韩国临时政府建立了联系,《新华日报》、《解放日报》等中共报纸广泛宜传韩国独立运动。中韩两国人民共同抗击日本法西斯的战斗情谊将永载史册。
创建光复军
1940年2月,金九先生向国民党当局提议组织韩国光复军情报网,策动日军中的鲜籍士兵反正。5月,金九先生正式向国民党中央请求成立韩国光复军,并提出《韩国光复军编练计划大纲》。1940年9月17日,在中国国民政府的直接援助下,韩国光复军总司令部在重庆嘉陇宾馆正式成立。总司令由韩国抗日名将李青天担任。金九等发表宜言,声明韩国光复军决“与友邦中国抗日大军并肩杀敌”,“不但调动白山黑水间枕戈待旦的三韩健儿和散在华北一带的白衣大群,更能以此国内的三千万革命大众闻风而起,冲断倭寇的铁蹄锁链而遂行圣洁的天职”。光复军总部初设西安,后移重庆,内设总务、参谋、副官、经理、政训、编练、军医、宣传8处,下设一、二、三、五4个支队及1个分处,分驻山西、绥远、安徽、陕西、江西等抗日前线,协助中国军队收集情报,进行对敌宜传,管训日本战俘,策动韩人反正等,在瓦解敌军士气,鼓舞中韩人民斗志方面发挥了重要的作用。1942年5月,在金九先生的积极努力和中国官方的推动支持下,朝鲜民族革命党领导的朝鲜义勇队并入韩国光复军。