1913年国民党“二次革命”失败后，孙中山、黄兴先后到达东京，国内即有“孙黄分家”之谣。到1915年日本政府向袁世凯提出“二十一条”，此项谣言愈传愈广，但又言人人殊。这是由于：事隔10多年，国民党战胜北洋军阀取得政权后，政权由蒋介石掌握，党权则落入陈果夫、陈立夫之手。二陈的叔父陈其美，正是当年煽风点火，促成“孙黄分家”的核心人物，而蒋介石又是陈其美一手提拔起来的，他们为亲者讳，对于这一历史性的重大问题，不愿揭露真相。现在是历史“求实存真”的时代，许多有关资料均已先后发表，关于“孙黄分家”的真相，应当可以大白于天下了。
一、孙黄对战争失败责任和组党问题发生歧见。陈其美挑拨孙黄关系。国民党内的调和派和激进派
孙黄二人再度亡命到东京后，对于战争失败的责任问题、国民党今后应如何加强整顿的问题，乃至外交策略，都存在着严重的分歧。他们虽同在东京，甚至不能平静地坐下来，面对面地进行同志式的研讨，而只能在往来书信上大打笔墨官司。
孙中山认为，“二次革命”失败，非由袁氏兵力之强，而是党人自由散漫，不肯听党魁的话，特别埋怨黄兴自以为是、独断独行，以致坐失良机，受制于人。他打算“毁党造党”，将国民党改组为中华革命党，然后致力于“三次革命”。对于“三次革命”，他认为日本为中国紧邻，应当主动争取日本的援助，“日助袁则袁胜，日助我则我胜”。
黄兴则认为，“二次革命”失败并非真正的失败，不过是金钱暴力暂时战胜公理正义而已。他承认自辛亥革命以来，革命党人虚骄成风，为国人所不谅，今后只要端正党风，培养一支德才兼备的队伍，最后就一定能够战胜袁世凯，没有毁党造党的必要。对于孙中山的严厉指责，则列举一系列的事实为自己辩白。他对孙中山始终表示忠诚，认为无论维持旧党或组织###，均应推孙为领袖，但又反对采取种种足以引人误会的形式，大搞个人崇拜，影响民主、自由。
孙黄二人的意见分歧，迅速扩大到党员与党员之间的相互关系。国民党的前身同盟会本由兴中、华兴两大革命组织合并而成同盟会原由兴中、华兴、光复三会合并组成，但成立不久，光复会即分离出去。。其中以同乡、私交或工作关系，孙黄二人各有一批信徒。过去孙黄二人合作无间，这种同志之间的亲疏关系，并不影响党的团结。此次孙黄有了裂痕，过去的亲疏关系就成了产生党内宗派主义的温床。
曾任沪军都督的陈其美，原为上海青帮头目之一。其人素以“四捷”出名，即口齿捷、主意捷、手段捷、行动捷（见程潜：《护国之役前后回忆》）他原与黄兴接近。“二次革命”失败后，1913年11月应孙中山之召赴东京，即有排斥黄兴而跃为党内第二号人物的野心，他对孙中山极尽吹捧之能事，当面捧孙为“世界上最伟大的人物”，“无论在中国在日本，谁都比不上你”；并说：“由你出面来领导中国革命，这是天经地义的事”见《宫崎滔天全集》。。他与戴季陶等包围孙中山，极力挑拨孙黄二人的关系，成了促进孙黄分家的关键性人物。
国民党人谭人凤、周震麟(均接近黄兴)、胡汉民(接近孙中山)等和某些日本友人，深以党的分裂为虑。他们奔走于孙黄二人之间，提出调和折衷意见，孙黄二人均表示赞赏。但由于陈其美对孙如影随形，这种调和没有取得效果。
当时在东京的还有一批思想较激进的中下层党人，他们身外无长物，而孙黄二人又均无力及时救济，因此经常处于饥寒交迫的状态中。他们认为，“二次革命”失败，主要由于国民党人“知于驳人而疏于谋己，轻于作始而乏于坚持，惑于小善而惧于小嫌，沉于声色而溺于货利”见《民义社发起词》。按，后来黄兴离日赴美，民义社员又集体加入了中华革命党，但与陈其美仍有矛盾，因此他们保持一定的独立性。。由于党内领袖的失和，加上自身的困窘，革命前途的渺茫，他们意识到“异地不能久处，领袖不能长靠，革命又不可中断，惟有自己结合组织团体，再回内地去进行革命”见杨思义：《二次革命失败后国民党人的形形色色》。。1914年1月，湘籍党人杨王鹏、邹永成等在东京组织了民义社，作为在湖南进行“三次革命”的领导机关。这是离开国民党而另树一帜的一种倾向。
当此之时，孙黄二人虽有隔阂，但对反袁的大目标上还是一致的。1914年2月，黄兴在东京郊外大森创办了军事学校“浩然庐”，为准备“三次革命”培养军事干部。孙黄二人又在日本友人的赞助下，筹办了“政法学校”，设立政治、法律、经济等科，以培养“三次革命”的文职干部。1914年3月，胡汉民向黄兴建议办一机关报来宣传反袁斗争，黄兴请章士钊主持其事。不久，由于党内裂痕继续扩大，5月10日有两个刊物同时问世：一个是胡汉民主编的《民国》杂志，成了孙派中华革命党的机关报；一个是章士钊主编的《甲寅》杂志，成了黄派“欧事研究会”的喉舌。《甲寅》第一期发表的时事述评，在抨击袁政府颁布的“报纸条例”上，引起孙派的误解，中华革命党人夏重民率部捣毁了《甲寅》社见章士钊：《欧事研究会拾遗》。，双方矛盾由此越来越尖锐了。
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