当时宋耀如还给女儿起了一个英文的教名:南希。这是为了纪念大恩人卡尔将军的夫人——南希·卡尔。1892 年宋耀如夫妇又生下了第二个女儿宋庆龄,英文名字是罗莎蒙德,据说这是为了纪念让宋耀如受洗的里考德牧师的女儿——罗莎蒙德·里考德。
受过美国文化熏陶的宋耀如没有中国传统的重男轻女思想,对女儿的成长也同样倾注自己的心血。
当时宋氏三姐妹的名字一直沿用到1904年。那年春天,宋爱琳留美前夕,宋耀如带着女儿去看望自己的老朋友、《万国公报》的主笔沈毓桂先生。这位已97高龄的老人看到青春可爱、风华正茂的爱琳由衷地喜欢,便亲切地问到她的名字。当得知姑娘叫爱琳时,沈毓桂老人沉思了片刻微笑说:“爱琳是洋人的名字。我们中国人应当有我们中国人的名字。”宋耀如此时已在上海生活了将近20年,在工商各界广为交际,对沈老先生的这个说法倒也表示赞成,于是顺便说久闻老先生满腹经纶,是一个起名的高手,就请求他给爱琳另起一名。老先生也不推辞,就取和蔼可亲之意,为宋爱琳将名字改成宋霭龄。宋查理听了也觉得不错,当即决定将“爱琳”改为“霭龄”。于是,大姐名字一改,后面两个妹妹的名字也就随着改了过来。
在事业蒸蒸日上之时喜得爱女,宋耀如的精神更加充沛起来。他的印刷厂日夜开工,在印刷《圣经》的同时,还为革命团体印刷大量的宣言、通告、传单,甚至债券、金币票和委任状。此外,他也帮温秉忠——他是一位主张君主立宪的教育家——印刷西方教科书。
凭借印刷厂的众多业务,宋耀如在上海的工商界也名声渐响。由于他留过洋,精通英语,上海话也已说得相当流利,同时在教堂这样的地方又能接触到各方人士,他很快成了一个帮本地实业家代办外国机器的商人。
以前上海滩的买办基本上是波斯人或是犹太人,比较出名的有沙逊、哈同等,都是腰缠万贯的大富豪。后来有一些中国买办也开始出现,而宋耀如可以说是上海第一个代办机器进口业务的中国商人。而在为各类纺织厂、面粉厂代理和安装设备的过程中,他又熟悉了各种新的业务,从而能够更好地投身于上海的工业化大潮。
1891年初,基督教传播一直比较盛行的中国长江流域发生了大规模的反洋教运动。成千上万从各地乡村涌来的民众把当地的教堂围住,进行示威抗议。各式各样的反洋教传单贴满大街小巷,在城市的街道上空飘飞。一些平日趾高气扬的传教士和教民在街上一露头,就会遭到愤怒群众的辱骂和追打。传教士们惶惶不安,一些教徒害怕群众有更过激的举动,纷纷宣布退教。
情况越来越严重,不断传来教堂被毁、传教士被杀的消息。美、英、法等国一面以保护传教为名,开来军舰,一面严厉敦促清廷派兵镇压。
宋耀如因为本身是传教士,对人们如此激烈地反对洋教当然感到震惊和不安,但又不赞成对反教的广大群众使用武力,造成更多的流血事件。为了搞清楚反教运动的原因,他亲自到江苏、安徽的一些地方进行考察。事实证明,群众的反教情绪早已存在,只不过是因偶然的诱因而一时间爆发出来。宋耀如在底层传教时就发现地方教会权力过大,而有些地方的情形比他以前想象的更为严重。有些教会依仗外国势力,干预中国的地方行政司法。传教士写上一张条子,就能让县官把无辜的农民判处死刑。一些传教士和当地教民仗势欺人,为非作歹,奸污妇女,霸占良田,这怎能不激起广大群众的愤怒?
考察回来,宋耀如立即向在上海的上司林乐知博士建议,不要急于动用武力,应该首先由教会作出反省。
对宋耀如的意见林乐知大为不满,大发脾气:“查理,我认为你对事件的性质根本一无所知!如果对传教士和教徒放弃特殊保护,中国就会变成杀戮基督教徒的疯人世界!”宋耀如对林乐知简单粗暴的态度感到愤怒,不禁当面质问他:“发生这样的事件,绝不能只归罪于中国民众的疯狂。像在中国这样传教士享有司法特权的,世界上可还有第二个国家?”
理屈词穷之下,林乐知承认在别国没有,但他强调中国的情况特殊。宋查理一字一板地说:“不论怎样特殊,传教归传教,不能侵国政!”
经过此事以后,宋耀如公开断绝了和林乐知以及南方卫理公会的关系。他宣布辞去该会神职,独立传教,并把自己的名字又改成了原来的宋嘉树,号耀如。
软弱的清政府屈从了外国政府和教会的意见,对反教群众进行血腥镇压。对此,宋耀如深感失望,也更激起了民族主义的情绪。而林乐知对宋耀如的反叛行为十分恼怒,他一面组织教会人员对宋耀如进行审判式的辩论围攻,一面秘奏上海道台,揭发宋耀如的反清言行。